Embora se conheça menos sobre as demais famílias linguísticas do tronco Tupi, o que se sabe até aqui permite mostrar o parentesco entre elas. O quadro abaixo, apresentado por Rodrigues (1986), mostra a comparação entre 6 línguas pertencentes a diferentes famílias: o Tupinambá (Tb), da família Tupi-Guarani; o Mundurukú (Mu), da família Mundurukú; o Karitiâna (Ka), da família Arikém; o Tuparí (Tp), da família Tuparí; o Gavião (Ga), da família Mondé; e o Awetí, língua isolada ao nível familiar. Note-se que a família Juruna, representada pela língua Juruna, não está aí contemplada, visto que Rodrigues afirma que ela não havia sido estudada até então por linguistas: 

 Ainda que se possa, também, indicar diferenças entre as línguas dessas famílias, a partir dessas semelhanças supõe-se, da perspectiva comparatista, que deva ter existido uma língua ancestral comum, que se convencionou chamar de Proto-Tupi. Uma reconstrução esboçada dessa língua, segundo o autor, admite a existência de uma raiz para o conceito de “casa” possivelmente com a forma *ekw,, a existência de um marcador de primeira pessoa *o-, assim como de uma raiz *po significando “mão”, de uma raiz *py, significando “pé”, de uma raiz *men significando “marido”, etc. Porém, considerando-se que não há documentação dessa língua ancestral e do percurso histórico que teria levado a essas famílias linguísticas, acredita-se que para se conhecer mais detalhes do tronco Tupi será preciso desenvolver consideravelmente o conhecimento das línguas atuais.

É preciso ter em vista, diante desses quadros, alguns fatos que escapam à classificação genética, ao mesmo tempo em que se apresentam como realidades linguísticas incontornáveis. Um deles consiste na própria operacionalização das noções de língua e dialeto, sendo que os critérios de distinção variam muito. Como afirma L. Seky (2000), em relação ao total de línguas indígenas brasileiras, “não há absoluta certeza quanto ao número, o que se deve às dificuldades inerentes à definição técnica do que seja propriamente uma língua (em relação a dialeto, formas antigas e modernas etc.), agravadas pela carência ainda existente de informações sobre as línguas e seus falantes”.

Outro fato a ser considerado é o contato linguístico, com a consequente mistura de línguas. Como mostra Orlandi (1990), desde a Época Colonial diversas formas de contato se apresentam no contexto brasileiro, as quais envolvem as línguas indígenas tanto no contato entre si quanto com a língua portuguesa. Acrescentem-se ainda as chamadas “línguas gerais”, resultantes de algumas dessas formas de contato. Note-se que o nome Língua Geral às vezes é utilizado como sinônimo de Língua Brasílica da Época Colonial ou de tronco Tupi(TRONCO)|Tupi, reunindo as línguas que constituem esse agrupamento. Porém, o nome “Língua Geral” diz respeito também a uma Língua Franca, no caso uma língua comum a índios, mestiços, colonos, negros, enfim, aos falantes que se encontram nos espaços de contato linguístico das frentes colonizadoras. Duas das mais conhecidas línguas gerais são a Língua Geral Paulista e a Língua Geral Amazônica. A Língua Geral Paulista, ou Língua Geral do Sul teve origem, segundo Rodrigues (1986), na língua dos índios Tupi de São Vicente e do alto rio Tietê, a qual diferia um pouco da língua dos Tupinambá do litoral. É a língua falada por bandeirantes, pioneiros e aventureiros que exploravam as regiões de Minas Gerais, Goiás, Mato Grosso e o Sul do Brasil. Em São Paulo, ela foi dominante no século XVII e, a partir do século XVIII, com as medidas pombalinas (Mariani, 2004), passou a ser suplantada pela língua portuguesa. A Língua Geral Amazônica ou Nheengatú, desenvolvida inicialmente no Maranhão e no Pará, a partir do Tupinambá, foi a língua usada no processo de ocupação amazônica e é falada até hoje na bacia do rio Negro, sendo mais documentada que a Língua Geral Paulista.

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